根据中共中央西北局的指示精神，伊盟工委及下辖的乌审旗工委、鄂托克旗工委加强了武装力量建设和政权建设。在伊盟南部的解放区，组建了阿尔宾巴雅尔领导的西乌审保安队、金汉文等人领导的鄂托克旗保安第四营、马富纲和马良诚等人领导的鄂托克旗起义部队三支武装，建立了伊盟工委和鄂、乌两旗工委的三支警卫队，在一此区、乡、村也建立了基层人民政权，准备开展武装斗争。

1946 年6月，全面内战爆发，国民党集结重兵准备进攻陕甘宁解放区。8月22日，习仲勋主持召开西北局会议，对伊盟工作作出了阶段性总结和战略性部署，制定了建立党组织、发动群众、联合蒙古族各阶层、开展武装斗争的工作方针。会议指出：“伊盟情况，如各地一样，群众要起来反对国民党。我们方针是发动与领导群众武装起义，到处点火。对已起来的采取积极办法，派干部去支持和领导之。发动与组织广泛的反蒋傅的统一战线。蒙汉联合，王公平民联合，驱逐傅作义”，“配合全国局势，到处点火。开始我们帮助干部，也可以帮助一部经费，弹械，必要时帮助少数武装部队，再搞大时再研究派出部队配合。我们目的是以群众武装起义，发展到使伊盟脱离傅作义，获的自治”。

1946 年秋，陕甘宁晋绥联防军发动了扫清边区北线外围之敌的榆横战役。伊盟工委配合作战，组成北线东进指挥部，赵通儒任总指挥。10月24 日，由于缺乏警惕，赵通儒等13名干部战在乌拉尔林被敌人诱捕，伊盟党组织遭受严重损失，是为乌拉尔林事件。乌拉尔林事件后，中共中央西北局于1946 年 11月任命高增培代理伊盟工委书记，决定将伊盟工委划归三边地委领导，下辖乌审旗工委和鄂托克旗工委。1947年1月17日，为便于对宁夏和伊盟两地工作的统一领导，西北局决定将宁夏工委和伊克昭盟工委合并为中共宁绥工委，三边地委副书记朱敏兼任工委书记。2月初，宁绥工委决定将伊盟工委分为伊西工委和伊东工委。不久，伊西工委和伊东工委再次合并，在靖边组成新的伊明工委，高增培任书记。

1947年3月，国民党军胡宗南部23 万人向陕北地区发动重点进攻。3月18日，党中央机关主动撤离延安,开始转战陕北。4月，国民党军马鸿逵部在国民党伊盟地方武装的配合下，大举进犯三边地区和伊盟南部解放区。为适应战争形势、统一伊盟的革命武装力量，5月，经中共中央西北局和陕甘宁晋绥联防军批准，三边军分区和伊盟工委对伊盟南部解放区的革命武装进行整编，组建了由300余名骑兵组成的师级建制的伊盟蒙汉支队，阿尔宾巴雅尔任司令员、高增培任政委，下辖两个大队，受三边军分区和伊盟工委双重领导。蒙汉支队建立后，奉命驻守在靖边县张家畔一带。

撤离延安后， 毛泽东、周恩来、任粥时率中共中央机关继续留在陕北，指挥全国各战场的作战。1947年4月5日中共中央机关转移到靖边县青阳岔，4月13日转移到王家湾，在此停留 50余天。为防止侵人三边地区的马鸿逵部威胁党中央机关，西北野战兵团向三边分区下达命令，要求动员所有地方武装，不惜一切代价，坚决堵住来自北线的敌人保卫中共中央机关的安全。伊盟蒙汉支队同三边军分区部队一起执行了保卫中共中央机关的光荣任务。5月20日，马鸿部骑兵第二十旅和国民党地方武装600余人进犯无定河支流芦河的中心渡口张家畔驻守张家畔的蒙汉支队官兵坚定顽强，击退了国民党军的多次进攻，并乘胜主动出击，从侧翼包抄，国民党军腹背受敌、仓皇溃逃。芦河阻击战取得了胜利，蒙汉支队完成了保卫中共中央机关北线安全的任务。

1947年3月至5月，西北野战兵团在青化、羊马河蟠龙镇、沙家店战役中沉重打击了国民党军胡宗南部。1947年5月下旬，西北野战兵团主力西出陇东，痛打国民党军马鸿逵、马步芳部，旋即挥师北上，于7月上旬攻克了盐池和三边等地。经过一系列的作战，粉碎了国民党企图摧毁中共中央和人民解放军首脑机关、将西北野战兵团歼灭或赶到黄河以东的狂安图谋，稳定了陕北地区的战局。

1947年7月3日，伊盟工委在宁条梁召开会议，决定乘势率领蒙汉支队重返伊盟，收复失地，扩充队伍。7月4日，蒙汉支队收复了城川。7月中旬，鄂托克旗、乌审旗的地方反动武装联合向城川反扑，蒙汉支队在西北野战军部队的支援下击退了敌军，保卫了城川。7月下旬，蒙汉支队东进乌审旗，将东乌审反动王爷奇玉山部驱逐出红柳河以南地区。至此，原伊克昭盟南部的解放区大部分被收复，解放区的民主政权建设、战勤、镇反、救治灾害、发展生产等工作也在伊盟工委的领导下开始恢复。

为加强对蒙汉支队的领导，1947年8月，经三边军分区司令部同意，伊盟工委增设军事部，韩是今任部长、高平任副部长。军事部成立后，统一了部队指挥权，建立了各项制度，提高了部队的军事、政治素质。11 月底，蒙汉支队先后转移到靖边县、吴起镇，开展了以“诉苦”和“三查”为主要内容的整军运动，使部队的气象焕然一新，战斗力明显提高。1948年1月26日，蒙汉支队改编为伊盟自治支队，阿尔宾巴雅尔任支队长，周仁山任政委，马良诚任参谋长，马富纲任副支队长，支队下辖三个大队，共有500余骑兵。改编后，部队中建立了政治工作制度。

1948年3月，自治支队第一大队和第二大队开赴伊克昭盟东部的准格尔旗、达拉特旗等地，开辟伊盟东部解放区,第三大队在伊克昭盟西部地区坚持游击战争。4 月，自治支队第一大队和第二大队配合陕甘宁晋绥联防军警备第一旅，解放了准格尔旗神山，消灭了国民党军伊克昭盟第一警备军的警备师大部，俘获少将警备司令奇涌泉和少将参谋长陈有明。神山解放后。伊盟工委和自治支队司令部发布了《伊盟支队司令部第一号布告》和《对伊盟蒋管区蒙汉人民的口号》，宣传党的“实行民族平等与民族自治”“保护牧场、禁止开垦”等政策，发布解放军在全国各战场的胜利消息，号召蒙汉人民团结起来建立反对蒋介石的统一战线。为稳定伊克昭盟东部地区的社会秩序,部队大力开展剿匪斗争和地方政权建设，先后歼灭了流窜于各旗之间的数十股土匪和“民团”,建立了中共准格尔旗委员会和准格尔旗自治政务委员会及各区、乡基层人民政府，组建了准格尔旗步兵第一团。到1948年8月，第一大队和第二大队已解放了准格尔旗黄河以南的11个区，并向达拉特旗、郡王旗和东胜县等地不断扩展。部队还以缴获的粮食、物资救济遭受严重旱灾的各族群众，帮助农牧民开展生产自救。

1948年6月，中共中央西北局决定伊盟工委再次分为伊东工委和伊西工委。伊东工委由高增培任书记，受西北局领导，负责开展准格尔旗、札萨克旗、郡王旗、达拉特旗和东胜县等地的工作；伊西工委由周仁山任书记，受宁绥工委领导，负责开展乌审旗、鄂托克旗、杭锦旗等地的工作。在伊东工委的领导下，东(东胜县 )那(郡王旗)工委成立，东郡工委派出武工队到郡王旗、札萨克旗等地开展工作，发动群众，组织农会、蒙古自治分会，宣传党的民族政策，争取了部分蒙古王公、仕官及地方武装首领的支持。在伊西工委的领导下，第三大队依托鄂托克旗、乌审旗的解放区，先后建立了7个区级基层政权。伊克昭盟革命斗争形势的发展为实现内蒙古西部地区解放打下了坚实的基础。